【ข้อมูลอ้างอิง】 ในแง่ของวัตถุที่ทำการควบคุม ห้องคลีนรูมแบ่งออกเป็น 2 ประเภทใหญ่ ได้แก่ ห้องคลีนรูมอุตสาหกรรมและห้องคลีนรูมชีวภาพ

ห้องคลีนรูมอุตสาหกรรมมีวัตถุประสงค์หลักในการควบคุมการปนเปื้อนอนุภาคไม่ใช่ชีวภาพ ในขณะที่ห้องคลีนรูมชีวภาพมีวัตถุประสงค์หลักในการควบคุมการปนเปื้อนอนุภาคชีวภาพ

【ข้อมูลอ้างอิง】 ห้องคลีนรูมชีวภาพหมายถึงพื้นที่สะอาดซึ่งควบคุมจุลินทรีย์แขวนลอยในอากาศให้อยู่ภายในค่าที่กำหนด

【ข้อมูลอ้างอิง】 เนื่องจากวัตถุในการควบคุมแตกต่างกัน เทคโนโลยีห้องคลีนรูมชีวภาพจึงมีลักษณะเฉพาะของตนเอง ความแตกต่างระหว่างเทคโนโลยีนี้กับเทคโนโลยีห้องคลีนรูมอุตสาหกรรมในเชิงสาระสำคัญและกลไกการควบคุมสามารถสรุปอย่างกระชับได้ในตาราง 1.5

ตาราง 1.5　ข้อกำหนดการควบคุมที่แตกต่างกันของห้องคลีนรูมชีวภาพและห้องคลีนรูมอุตสาหกรรม

ชื่อ ห้องคลีนรูมชีวภาพ ห้องคลีนรูมอุตสาหกรรม
สาขาการประยุกต์ใช้ทั่วไป การรักษาพยาบาล เภสัชกรรม อาหาร สัตว์ทดลอง ความปลอดภัยทางชีวภาพ และสาขาอื่นๆ วัสดุความบริสุทธิ์สูง ไมโครอิเล็กทรอนิกส์ (เช่น วงจรรวม) เครื่องมือวัดความละเอียดสูง การบินและอวกาศ ฯลฯ
สมบัติของอนุภาค จุลินทรีย์เป็นอนุภาคสิ่งมีชีวิตที่สืบพันธุ์ได้ โดยปกติจะสร้างเป็นอาณานิคม และมีเส้นผ่านศูนย์กลางอนุภาคเทียบเท่าค่อนข้างใหญ่กว่า อนุภาคฝุ่นส่วนใหญ่มีเส้นผ่านศูนย์กลางเล็กกว่าและมีความเข้มข้นสูงกว่า บางกระบวนการยังให้ความสำคัญกับสมบัติทางเคมีของฝุ่นด้วย
วัตถุประสงค์การควบคุมอนุภาค ควบคุมการปนเปื้อนหรืออันตรายจากจุลินทรีย์ โดยเน้นเป็นพิเศษในการขจัดความเสี่ยงแอบแฝงจากการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในระบบ ควบคุมเส้นผ่านศูนย์กลางและความเข้มข้นของอนุภาคฝุ่น โดยเน้นการปกป้องการผลิตตามกระบวนการ
ข้อกำหนดการควบคุมอนุภาค ความเข้มข้นจุลินทรีย์ที่ยอมให้ในอากาศกำหนดตามข้อกำหนดของระบบควบคุมคุณภาพ เส้นผ่านศูนย์กลางอนุภาคที่ควบคุมโดยทั่วไปกำหนดที่ 1/3 ของความกว้างเส้นลักษณะเฉพาะ หรือเล็กกว่านั้น
ผลกระทบของอนุภาคต่อกระบวนการ กระบวนการปลอดเชื้อไม่อนุญาตให้มีการปนเปื้อนแม้แต่อนุภาคจุลินทรีย์เดียว สำหรับกระบวนการทั่วไป อนุภาคชีวภาพต้องมีความเข้มข้นถึงระดับหนึ่งจึงจะก่อให้เกิดอันตราย อนุภาคเพียงอนุภาคเดียวที่ตำแหน่งวิกฤตสามารถทำลายวงจรรวมทั้งชุดได้
ลักษณะของอนุภาคที่ควบคุม สำหรับกระบวนการทั่วไป อนุภาคที่อาจก่อให้เกิดอันตรายครั้งเดียวต่อการควบคุมกระบวนการปลอดเชื้อ ถือเป็นอนุภาคอันตรายสะสมชนิดหนึ่ง (อนุภาคความเสียหายแบบก้าวหน้า) เส้นผ่านศูนย์กลางอนุภาคของ “อนุภาคฆาตกร (Killer particles)” ที่สามารถก่อให้เกิดความเสียหายร้ายแรงต่อกระบวนการ
พารามิเตอร์การควบคุม ความเข้มข้นจุลินทรีย์ภายในห้อง (มาตรการทำให้บริสุทธิ์เป็นเพียงวิธีการ) ระดับความสะอาดภายในห้อง